Iphone on tähän asti tukenut ainoastaan web-sovellusten kehittämisen puhelimeen ja kaikki natiivit ohjelmat ovat Applen tekemiä. Tähän tulee nyt muutos, kun Apple julkaisi eilen Iphonen kehittäjäpaketin. Kesästä lähtien puhelimelle voidaan julkaista kolmannen osapuolen ohjelmia. Ohjelmien asennus tapahtuu joko Itunesin tai suoraan laitteesta App Store sovelluksen kautta. Apple hyväksyy kaikki ohjelmat ja ottaa 30% myyntituloista.
Iphone 2.0 ohjelmistoversion myötä puhelimen yritysominaisuuksia on parannettu lisäämällä Activesync tuki, joka mahdollistaa Exchange palvelimien käytön ja reaaliaikaisen kalenterien, kontaktien ja sähköpostin päivittymisen. Lisäksi tuki tulee Ciscon Ipsec vpn:lle, wlan 802.x-salaukselle ja powerpoint tiedostoille.
iPhone 2.0 Betaa jaetaan aluksi vain ohjelmistokehittäjille. Applen on suunnitelmissa julkaista 2.0 versio kesäkuuhun mennessä. Päivitys tulee ilmaiseksi iPhoneen, mutta Ipod Touchin käyttäjät joutuvat maksamaan päivityksestä. Ohjelmistonkehitystyökalut on saatavana vain Mac OS X:lle ja ne on saatavana Iphone Developer -ohjelman jäsenille aluksi vain USA:ssa.
